Већ по уласку немачких трупа у Загреб проглашена је независна држава Хрватска. Настајање нове државе здушно су подржавали хрватски политичари и загребачки надбискуп Алојзије Степинац. У границе нове државе ушла је територија БиХ, Срема и Хрватске без Далмације. На тој територији живело је око три милиона Хрвата, два милиона Срба и 700 000 Муслимана.
Усташки покрет који је формирао власт јавно је формулисао циљ који нова држава има да постигне:један део Срба преселити у Србију, један део превести у римокатоличку веру а остале побити. Да би пројекат геноцида добио легализацију пред очима јавности донет је низ расистичких закона којим је Србима, Ромима и Јеврејима ограничено кретање, забрањен им је упис на универзитет, укинуте су све српске школе и забрањени су сви јавни натписи писани ћирилицом. Сви православни становници били су обавезни око руке плаву траку са словом „п“ као ознаком за православне. Идеолошка лозинка усташа није била више само „против Срба“већ и против „неверника православних“, што је подсећало на крсташке ратове средњег века где су једнако биле помешане вера и политика. Последица ће бити незапамћен покољ људских душа који се дешавао „у име Христа“. Усташка расистичка теорија разликовала се од Хитлерове. Док је Хитлер тражио чистоћу“Аријевске расе“ и тврдио да се Германизирати може само земља а не и народ, за усташе је било довољно да припадник друге народности прими римокатоличку веру и декларише се за Хрвата па да за и Хрвата буде и признат.
С обзиром на етнички састав БиХ где су Хрвати и Муслимани само заједно могли представљати бројну већину, мухамеданци су проглашени за „најстарије и најчистије хрватско племство што га Европа има“.
Упркос оваквој политици мухамеданско свештенство у БиХ у име Муслимана оградило се од оних који су сарађивали са усташама у спровођењу насиља над Србима.
Најрадикалније мере извршене су над Србима Глине, Кордуна, Баније и Козаре( 68 000 Козарчана одведено је у логор Јасеновац 1942. године од чега је било 24 000 деце). У току рата на подручју БиХ страдало је око 500 000 Срба а на територији Хрватске око 1 200 000 Срба. Систем концентрационих логора служио је за масовно уништење Српског живља. Само у Јасеновцу је страдало око 700 000 Срба.
После рата најодговорнији људи Немачке признали су одговорност за оно што је учинила државна власт хитлеровске Немачке и зарекли да се тако нешто никад неће десити. Постављен је натпис на логору „Дахау“ – ко хоће да се заборави хоће да се понови.
Такав случај није био са одговорним починиоцима и непочиниоцима у НДХ јер је став званичног политичког врха послератне Југославије био да је откривање усташких злочина атак на идеологију „братства и јединства“ што је удвостручило напетост у југословенским националним приликама.